تضم الجمعية مراكز متخصصة تقوم بعملها الدعوي باحترافية عالية ووفق الاحتياجات وهي:
تتكون إدارت وأقسام الجمعية من : إدارة الشؤون الدعوة إدارة الجاليات إدارة القسم النسائي إدارة الشؤون المالية والإدارية إدارة العلاقات العامة والإعلام
يعتني بالجالية الفلبينية من خلال إقامة برامج ومناشط موجهة وفق رؤية واضحة وأهداف قريبة وبعيدة المدى
مركز العناية بالجالية الإندونيسية يعتني بطلاب المنح بالجامعات الإسلامية وإعدادهم ليكونو سفراء في بلادهم
